Herb przedstawia postać Św. Mikołaja z aureolą w stroju biskupim, ze złotym pastorałem w lewej ręce i trzema złotymi kulami (bochnami chlebowymi) w prawej.
Herb ten odwołuje się do przeszłości Mikołajek Pomorskich. Pierwsze zapiski z 1248 i 1250 roku podają formę Nicklausdorf, potem z 1437 roku Nicoloyen, w 1512 roku Nikielsdorff alias Mikolaiki, a z 1659 – Mikolayki. Z czasem pojawia się również nazwa Niklaskirchen. Można przypuszczać (brak informacji w źródłach), że najwcześniejszy kościół w Mikołajkach, zrujnowany w początkach XVII wieku, był pod wezwaniem św. Mikołaja i od imienia tego świętego wieś wzięła swoją nazwę. Zielona tarcza herbu symbolizuje rolniczy charakter gminy.